knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/adultBrain/intersect.CerebrumFrontalOC.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01628

4 Motif M01504

5 Motif M01532

6 Motif PBM0050

7 Motif M00930

8 Motif M01122

9 Motif M01299

10 Motif M00488

11 Motif M00337

12 Motif M01610

13 Motif M01267

14 Motif M00926

15 Motif M00338

16 Motif MA0018.2

17 Motif M00981

18 Motif M00041

19 Motif M01511

20 Motif M00443

21 Motif M01586

22 Motif M01251

23 Motif M01941

24 Motif M01613

25 Motif M00799

26 Motif PBM0095

27 Motif MA0076.1

28 Motif M01992

29 Motif M01990

30 Motif M01988

31 Motif M01986

32 Motif M00032

33 Motif PBM0084

34 Motif PBM0173

35 Motif PBM0142

36 Motif MA0004.1

37 Motif M01699

38 Motif M01509

39 Motif PBM0104

40 Motif PBM0103

41 Motif PBM0132

42 Motif M01057

43 Motif M01104

44 Motif M01629

45 Motif M00008

46 Motif PBM0054

47 Motif M00752

48 Motif PBM0090

49 Motif M01609

50 Motif M02040

51 Motif MA0055.1

52 Motif M01302

53 Motif M01634

54 Motif M00797

55 Motif M00359

56 Motif M01709

57 Motif M00806

58 Motif M00193

59 Motif MA0119.1

60 Motif M01196

61 Motif M01972

62 Motif M01219

63 Motif M00916

64 Motif M00513

65 Motif M00017

66 Motif M01187

67 Motif M00179

68 Motif M00178

69 Motif M01863

70 Motif M01862

71 Motif M01861

72 Motif M00917

73 Motif M00691

74 Motif M00942

75 Motif M00737

76 Motif M01186

77 Motif M01812

78 Motif M00466

79 Motif M00976

80 Motif M01208

81 Motif M01979

82 Motif M01163

83 Motif M00262

84 Motif M00108

85 Motif M00940

86 Motif M00263

87 Motif M01951

88 Motif M00516

89 Motif M01643

90 Motif M01558

91 Motif PBM0118

92 Motif M01948

93 Motif M00067

94 Motif MA0099.2

95 Motif M00615

96 Motif M01840

97 Motif M00163

98 Motif M00220

99 Motif PBM0125

100 Motif M01034

101 Motif M01577

102 Motif M00307

103 Motif M01938

104 Motif M00036

105 Motif M01820

106 Motif M00113

107 Motif M00946

108 Motif M00944

109 Motif M00694

110 Motif M00375

111 Motif M00039

112 Motif M00121

113 Motif M00369

114 Motif M00187

115 Motif M00739

116 Motif M00736

117 Motif M00388

118 Motif M00357

119 Motif PBM0031

120 Motif M01548

121 Motif M00404

122 Motif M00936

123 Motif M00376

124 Motif M01259

125 Motif M01200

126 Motif MA0028.1

127 Motif M01078

128 Motif M00490

129 Motif M00428

130 Motif MA0060.1

131 Motif M00287

132 Motif M01916

133 Motif M01909

134 Motif M01968

135 Motif M01947

136 Motif M00660

137 Motif MA0058.1

138 Motif M00024

139 Motif M00425

140 Motif M00236

141 Motif M01065

142 Motif M00305

143 Motif M01946

144 Motif M00517

145 Motif M00122

146 Motif M01793

147 Motif M01759

148 Motif M01304

149 Motif M01779

150 Motif M00069

151 Motif PBM0013

152 Motif PBM0200

153 Motif M00371

154 Motif M00370

155 Motif M01742

156 Motif M00652

157 Motif M00188

158 Motif M01615

159 Motif PBM0199

160 Motif PBM0197

161 Motif M01256

162 Motif M00325

163 Motif M00256

164 Motif M01028

165 Motif MA0139.1

166 Motif M00983

167 Motif M00422

168 Motif M01054

169 Motif M00288

170 Motif M00119

171 Motif MA0138.2

172 Motif MA0088.1

173 Motif M01701

174 Motif M01827

175 Motif M00821

176 Motif MA0150.1

177 Motif M00171

178 Motif M00281

179 Motif MA0027.1

180 Motif M01932

181 Motif M01284

182 Motif M00279

183 Motif M00007

184 Motif M01323

185 Motif M01465

186 Motif M00424

187 Motif M00204

188 Motif M01666

189 Motif M02014

190 Motif M01819

191 Motif M01911

192 Motif M00284

193 Motif M00398

194 Motif M00210

195 Motif M01788

196 Motif M00734

197 Motif PBM0156

198 Motif PBM0140

199 Motif M00303

200 Motif M01138

201 Motif M01737

202 Motif PBM0038

203 Motif M01483

204 Motif M01471

205 Motif M01354

206 Motif M01353

207 Motif M01971

208 Motif M00510

209 Motif M00795

210 Motif PBM0039

211 Motif M00280

212 Motif M00199

213 Motif M00407

214 Motif M00129

215 Motif M01864

216 Motif M01316

217 Motif M01473

218 Motif PBM0192

219 Motif PBM0187

220 Motif M00117

221 Motif M01768

222 Motif MA0035.2

223 Motif MA0135.1

224 Motif M01345

225 Motif M00195

226 Motif M00342

227 Motif M00045